1990年6月，經(jīng)中央批準，在上海創(chuàng)辦了中國第一保稅區(qū)——上海外高橋保稅區(qū)。1992年以來，國務(wù)院又陸續(xù)批準設(shè)立了14個保稅區(qū)和一個享有保稅區(qū)優(yōu)惠政策的經(jīng)濟開發(fā)區(qū)，即天津港、大連、張家港、深圳沙頭角、深圳福田、福州、海口、廈門象嶼、廣州、青島、寧波、汕頭、深圳鹽田港、珠海保稅區(qū)以及海南洋浦經(jīng)濟開發(fā)區(qū)。全國15個保稅區(qū)隔離設(shè)施已全部經(jīng)海關(guān)總署驗收合格，正式投入運營。

1992年，在鄧小平同志南巡講話發(fā)表之后，各保稅區(qū)紛紛加快了實質(zhì)性啟動，基本建設(shè)進展迅速，初步形成了招商引資的軟硬環(huán)境，海內(nèi)外客商投資踴躍，大多數(shù)保稅區(qū)首期開發(fā)區(qū)域的土地已批租或出讓完畢，并在進一步開發(fā)二期工程，吸引外資工作也出現(xiàn)了可喜的局面。

經(jīng)過多年的探索和實踐，全國各個地區(qū)的保稅區(qū)已經(jīng)根據(jù)保稅區(qū)的特殊功能和依據(jù)地方的實際情況，
逐步發(fā)展成為當?shù)亟?jīng)濟的重要組成部分，集中開發(fā)形成的功能有保稅物流和出口加工。

隨著中國加入WTO，全國保稅區(qū)逐步形成區(qū)域性格局，南有以廣州、深圳為主的珠江三角洲區(qū)域，中有以上海、寧波為主的長江三角洲區(qū)域，北有以天津、大連、青島為主的渤海灣區(qū)域，三個區(qū)域的保稅區(qū)成為中國與世界進行交流的重要口岸，并形成獨特的物流運作模式。