蘇州工業(yè)園區(qū)早在2005年就根據(jù)吳儀副總理對特殊區(qū)域進行“政策疊加、功能整合”的指示，積極探討實現(xiàn)園區(qū)內(nèi)的出口加工區(qū)、保稅物流中心B型 和直通式陸路口岸、三區(qū)間的聯(lián)動。2006年召開的第八次中新聯(lián)合協(xié)調(diào)理事會進一步明確，允許蘇州工業(yè)園區(qū)開展具有保稅港區(qū)功能的海關特殊監(jiān)管區(qū)域試點工作。2006年12月17日，國務院正式批準設立蘇州工業(yè)園綜合保稅區(qū)。該區(qū)域執(zhí)行保稅港區(qū)的相關政策，是目前國內(nèi)開放層次最高、優(yōu)惠政策最多、功能最齊全的特殊功能區(qū)綜合保稅區(qū)整合了海關特殊監(jiān)管區(qū)域的所有功能政策。如國外貨物入?yún)^(qū)實行保稅，國內(nèi)貨物入?yún)^(qū)視同出口、實行退稅，企業(yè)在區(qū)內(nèi)不僅可以進行貨物的保稅倉儲和加工、制造業(yè)務，還將可以開展對外貿(mào)易（包括國際轉(zhuǎn)口貿(mào)易），國際采購、分銷和配送，國際中轉(zhuǎn)，檢測、維修，商品展示，研發(fā)，以及港口作業(yè)等業(yè)務。相比洋山、天津和大連等保稅港區(qū)側(cè)重的口岸通關功能，蘇州工業(yè)園綜合保稅區(qū)直接服務于周邊的加工制造業(yè)，為企業(yè)提供更為全面的功能平臺，滿足加工貿(mào)易的各種需求。

蘇州工業(yè)園綜合保稅區(qū)是在園區(qū)現(xiàn)有的出口加工區(qū)、保稅物流中心（B型）、直通式陸路口岸基礎上進行功能整合和政策疊加而形成的，總面積5.28平方公里，本次驗收4.2平方公里，集保稅加工、保稅物流、進出口貿(mào)易、采購分銷、金融服務、檢測維修、展示展覽等功能于一體的特殊監(jiān)管區(qū)域。將建立具有口岸作業(yè)、保稅物流、保稅加工、國際貿(mào)易等多種功能，配套服務完善的綜合保稅區(qū)，成為上海洋山港，浦東空港及太倉港在內(nèi)陸地區(qū)的喂給、疏散港，最終發(fā)展成為長三角地區(qū)制造集群的生產(chǎn)服務業(yè)基地和重要的國際貨物集散地。