2013年1月3日，國務院致函省政府和海關總署，批復同意設立南通綜合保稅區。南通綜合保稅區共兩個區塊。區塊一位于原出口加工區范圍內，規劃面積1.5平方公里；區塊二位于蘇通長江大橋東側，規劃面積3.79平方公里，東與海門市交界，西至農場路。