2008年12月，國務院正式批準設立廣西憑祥綜合保稅區。這是我國繼蘇州工業園綜合保稅區、天津濱海新區綜合保稅區、北京天竺綜合保稅區和?？诰C合保稅區之后的第五個綜合保稅區。憑祥綜合保稅區是廣西繼欽州保稅港區之后，再獲國家批準設立的開放層次最高、優惠政策最多、功能最齊全、手續最便捷的特殊經濟開放區域。憑祥綜合保稅區規劃控制面積8.5平方公里。
憑祥綜合保稅區功能：　憑祥綜合保稅區具有對外開放口岸、保稅物流、保稅出口加工、國際貿易、國際中轉、國際配送，國內外采購、分銷和配送等功能。
憑祥綜合保稅區除了享有保稅區應有的優惠政 策外，還同時享有自治區《關于促進廣西北部灣經濟區開放開發的若干政策規定》中的優惠政策，是目前我國享受優惠條件最多的保稅區之一。憑祥綜合保稅區實行封閉管理。海關總署將會同有關部門，切實做好憑祥綜合保稅區的監管、服務工作，促進其健康有序發展。
憑祥綜合保稅區作為中越跨境經濟合作區的中方母體與越方對接。憑祥綜合保稅區除了擁有各大綜合保稅區的優惠政策外，還有民族自治區、西部大開發、邊貿開發、大湄公河次區域合作等優惠政策，綜合政策優惠居所有綜保區之首。